Dès les premières années de son existence, l’ATHAREP réussit à susciter plusieurs actions d’importance au sein des organismes de recherche publique : recensement des agents handicapés, mise en place de missions handicap, circulaire relative aux autorisations d’absence des parents d’enfants handicapés. Elle devient ainsi un partenaire reconnu par les EPST (CNRS, INRA, INSERM, IRD) avant d’élargir son audience aux universités.
En 1995, elle participe à la mise en place de la voie contractuelle de recrutement pour les catégories A (>bac+3) et B (>bac) de la Fonction Publique. Un an plus tard, elle organise à l’Assemblée Nationale le séminaire : Fonction Publique et Handicap : bilan et perspectives pour une meilleure application de la loi et joue un rôle moteur dans la création du réseau connu actuellement sous le nom d’Handipublic.
Sa crédibilité s’est accrue depuis la création en 2001, avec le soutien du Ministère de la Fonction Publique, d’une structure d’appui au recrutement des diplômés handicapés, Agir pour l'insertion. Ses projets poursuivent tous la même finalité : promouvoir l’insertion professionnelle des personnes handicapées. Si la finalité des actions est unique, les moyens sont multiples.
L’association étant issue du milieu de la recherche, les chercheurs et les enseignants-chercheurs sont fortement mis à contribution pour réaliser des formations destinées aux employeurs, aux candidats à l’emploi et au grand public, pour dispenser des conseils et des expertises, pour réaliser des colloques, des séminaires et des études. Suivant une technique mise en œuvre depuis sa création, l’ATHAREP œuvre en outre en groupes de travail pour proposer des améliorations et des pistes nouvelles de recrutement des personnes handicapées. Le recrutement par voie contractuelle des chercheurs (exemple à suivre de l’INRA depuis 2006) et des enseignants-chercheurs représente une solution probante à utiliser comme alternative à la discrimination fondée sur le handicap que l’on observe dans les procédures classiques de recrutement. La remarque vaut pour l’ensemble des autres métiers de la fonction publique.
L'association édite chaque année un bulletin d'information, organise une journée d'étude et participe à des forums.